Reforçando o que o @dawtaylor comentou, a química interna da bateria e sua capacidade de retenção de íons só piora com tempo, ou seja ela, nunca melhora a “saúde” (termo péssimo esse que escolheram para definir o percentual de degradação).
O que a calibração em descarga profunda faz é apenas melhorar a estimativa dessa “saúde”.
Sobre seu problema, já fez o mesmo percurso com o outro Mini?
Sugiro fazer a medição de consumo de ambos usando o cálculo abaixo, iniciando a medição quando começa o trajeto e finalizando a medição quando chegar ao destino, anotando consumo de kWh e percentual de bateria. Aí teremos mais informações sobre a capacidade de retenção da bateria e gastos adicionais de energia, como o atrito dos pneus.